La semilla de lo que en su día sería la actual Hermandad y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Misericordia en su Crucifixión y María Santísima de los Ángeles, surgió en el año 1996.

Durante tres años este grupo, constituido en pre-hermandad, bajo las orientaciones del Sr.Párroco de la parroquia de Santa María de los Ángeles, Rvdo. D. Francisco Alarcón Alarcón, fue formando el grupo humano que con el paso del tiempo se convertiría en el núcleo de la actual Hermandad. La Parroquia, y los vecinos en general, desde el comienzo del proyecto vieron con buenos ojos la iniciativa y apoyaron incondicionalmente al grupo de fieles cristianos laicos empeñados en el fomento de la piedad popular y el culto público.

De este modo, alrededor de mil cristianos de los barrios que conforman la Parroquia – Cruz de Caravaca, la Concepción, Villa María y Colonia de los Ángeles, como muchos otros de distintas parroquias de la Ciudad,  apoyaron activamente a la nueva asociación pública de fieles. El 16 de enero de 1999, Mons. Rosendo Álvarez Gastón, obispo de Almería, en el marco de la eucaristía concelebrada por el Rvdo. D. Francisco Alarcón Alarcón, párroco, y el Rvdo. D. Manuel Pozo Oller, secretario general del IV Sínodo almeriense y vicario parroquial, bendijo la bella imagen de María Santísima de los Ángeles tallada por Antonio Joaquín Dubé de Luque en la trianera calle de Alfarerías.

El encargo verbal al imaginero sevillano se había efectuado el 21 de septiembre de 1996, en el acto litúrgico de la bendición de la actual imagen de Ntra. Sra. de la Merced, tras el incendio producido en la madrugada del jueves santo de ese mismo año en la Catedral de Almería. Cientos de hermanos, cofrades y vecinos acudieron al acto de bendición en el que actuó como madrina de la imagen la Antigua, Pontificia y Franciscana Hermandad y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Fundación y Nuestra Señora de los Ángeles (popularmente conocida como “Los Negritos”) de Sevilla El 8 de febrero de este mismo año de 1999, el Obispo diocesano aprobó las Reglas de la Hermandad y erigió canónicamente a la asociación en la Iglesia Parroquial de Santa María de los Ángeles de la Ciudad de Almería. La Hermandad ya ocupaba desde tiempo atrás las dependencia de los salones parroquiales donde se desarrollaban sus actividades así como las labores en el taller de bordado propio. Dos meses después, el 27 de marzo, la Hermandad  procesionaba por primera vez por las calles de la Parroquia.

En aquella memorable fecha decenas de hermanos vistieron las túnicas, confeccionadas en la Hermandad por mujeres que desinteresadamente dedicaron su tiempo al corte y confección de las mismas.  Ese año acompañaba al paso de palio la banda de San Indalecio de la Cañada y la imagen de la Virgen lució un manto prestado por la Hermandad del Prendimiento de nuestra Ciudad, como también lo fueron prestadas las jarras laterales por la Hermandad del Silencio.

El 29 de abril del mismo año 1999, después de realizadas las primeras elecciones y propuesto el candidato al Obispo diocesano, Mons. Álvarez Gastón, éste extendió el primer nombramiento de Hermano Mayor en la persona de D. Pedro Martínez Oliver.