Esta hermandad, popularmente conocida como cofradía del silencio nació en el año 1946. A iniciativa de varios altos cargos de la Organización Sindical almeriense para poner de relieve la religiosidad del mundo del trabajo. La primera Junta General, celebrada el día 10 de junio de este año, aprobó las Reglas fundacionales, ratificadas el 20 de junio por el Obispo de la Diócesis, Enrique Delgado Gómez, siendo su primer Hermano Mayor Mario López Rodríguez.

La imagen de Ntra. Señora del Consuelo fue bendecida el día 10 de noviembre de 1946. Habiendo sido tallada por el afamado escultor hispalense Antonio Castillo Lastrucci, siendo la única advocación que en un principio tuvo la cofradía un año después ya salió en procesión el paso de palio, que según las crónicas de la época: «lucía una potente iluminación eléctrica y profusión de flores» y llevaba un manto sobre el que habían comenzado los bordados, que se realizarían en el pujante taller del Sindicato de la Aguja que dirigía Carmen Góngora; además lucía una corona obra del artista almeriense Luis Algarra. Salió además otro paso: uno pequeño con una cruz solitaria que se denominó Cruz del Amor.
El otro paso de titular de la cofradía es el Descendimiento, que data del año 1948. Este grupo escultórico es la obra póstuma del maestro granadino Eduardo Espinosa Cuadros. Fue realizado en el taller familiar, en la calle Jesús y María de la capital granadina. Destaca la magnífica composición piramidal y el empleo en algunas figuras de la antigua técnica de las telas encoladas.
Tres años más tarde sale dos veces la Virgen del Consuelo, algo que se seguiría haciendo varios años, la segunda de ellas el Sábado de Gloria, austeramente vestida con un sudario blanco sobre el brazo izquierdo, portada a hombros sobre unas andas y acompañada por mujeres que fueron convocadas al efecto.

El artista almeriense Jesús de Perceval talló y doró un retablo para la imagen mariana en 1952, el mismo año en que se bendijo e inauguró una capilla para el Descendimiento en San Agustín. En 1953 estrena trono la Virgen, obra del profesor José Hervás, realizado en pino de Flandes, de estilo barroco, con 120 velas, cuatro candelabros con faroles, el escudo de la Hermandad en el frontal y dieciséis columnas salomónicas, cubierto por un palio de terciopelo negro forrado por dentro de raso blanco que cinco años más tarde se cubre con uno nuevo igualmente de terciopelo negro pero enteramente bordado en oro por Carmen Góngora y sostenido por sólo diez varales en lugar de los doce que son clásicos en la tradición andaluza.

En 1960 se crearon en su seno, las congregaciones de Jesús del Huerto (Formada por el Sindicato de Frutas, Cámara Oficial Sindical Agraria y Hermandad local de Labradores), con sede canónica en la iglesia de San Roque del barrio de Pescadería, aunque finalmente se establecería en la parroquia de San Isidro en el barrio de Regiones. Y la congregación del cristo del Camino(Formada por el Sindicato del Transporte), erigida en la parroquia de San Antonío de Ciudad Jardín. Un año más tarde nace la congregación de Jesús atado a la columna, con sede en la capilla de la escuela de formación e integrada por alumnos de la misma. Estos pasos salieron en procesión durante la década de los años sesenta desde distintos puntos de la ciudad coincidiendo con a los titulares sólo en carrera oficial. En 1964 salen todos de San Agustín, menos la Columna; en 1964 se incorpora el paso del Santo Cristo de la Agonía.

En 1978 Miguel Aparicio se hace cargo de la hermandad y forma la primera junta de gobierno de esta nueva etapa. A estos años de esplendor, en los que llegaron a hacer Estación de Penitencia hasta 1.200 nazarenos, siguieron años de imparable declive, que dieron al traste con la existencia de las congregaciones adheridas, llegando a la Semana Santa de 1978 año en el que incluso la Cofradía no realiza su salida anual. En 1.978, un grupo de jóvenes, a cuyo frente se encontraba Miguel Aparicio (q.e.p.d.), se hacen cargo de la Hermandad y forman la primera Junta de Gobierno de esta nueva etapa.

A lo largo de los años 80 la Hermandad rescata de sus antiguas sedes las imágenes no titulares, recibiendo culto en la iglesia de Los Franciscanos y comienzan de nuevo a sacarlas en procesión. En 1983 se crea la primera cuadrilla de hermanos costaleros, y así sucesivamente durante los 10 años siguientes se irán creando el resto de cuadrillas al tiempo que se comienza una renovación total del patrimonio procesional de la Cofradía siendo lo más destacado la ejecución, por parte de los talleres sevillanos de Villarreal, del paso de María Santísima del Consuelo así como diversos enseres y preseas.

En 1996 se celebró el quincuagésimo aniversario fundacional, año intenso en actos religiosos y culturales en los que la hermandad recibió en su sede a todas las hermandades de Almería, tanto de penitencia como de gloria, así como a distintas corporaciones como el Ayuntamiento y la diputación de Almería, que obsequiaron a la hermadnad con sendos escudos de oro, al igual que la mayoría de hermandades. La Guardia Civil donó un fajín de general del ejército de Tierra en seda rojo que desde entonces luce María Santísima del Consuelo tanto en Semana Santa como en sus cultos de regla.
Estos actos culminaron con el traslado y posterior procesión de regreso de María Santísima del Consuelo a la S.A.I. Catedral.
Ese mismo año también se creó una cuadrilla de costaleras para portar a Nuestro Padre Jesús de la Columna, para lo que fue necesaria una reforma del paso.
Tras este intenso año la Hermandad acometió una profunda reforma, que algunos han llegado a definir de revolución, comenzando por la incorporación de la música en el paso de palio y la música de capilla en el Misterio, a partir de la Semana Santa de 1997, reforma a la que siguió la unificación y transformación del hábito de los nazarenos eliminando así el variado colorido procesional de la Hermandad que no estaba acorde con el autentico espíritu de la Cofradía.

En un Cabildo de hermanos celebrado en enero de 2000 se tomó la decisión de salir en procesión solamente con las imágenes titulares volviendo así a los orígenes fundacionales y buscando una mayor autenticidad penitencial y del culto interno.

Franciscana Hermandad del Silencio